建文元年7月，燕王朱棣承受不住来自朝廷方面的强大压力，在姚广孝等人的游说之下，打着“清君侧”的名义，举兵造反，来开了长达四年的叔侄战争，史称“靖难之役”。从战争一开始，大家就可以看出建文帝的年轻和幼稚了。

他本来以全国敌一隅，那是稳操胜券，但是他低估了燕王的能力，忘记了他是个沙场上的名将。一开始的时候，他借故调走了燕王的亲兵，然后命令宋忠率兵三万驻军开平，另外在山海关还有军队协防，把燕王给团团包围了起来。

可是他万万没有想到，他派出去的人都是脓包（好的都被朱元璋杀了），根本不是朱棣的对手，几个回合下来，这个包围圈就被打破了，而且被揍得很惨。

八月，建文帝下令耿炳文率领13万大军攻打燕国，没想到兵败真定，建文帝于是又换上了李景隆率领五十万大军进攻，可是没想到李景隆更加的脓包，五十万人差点全军覆没。建文帝了解到他是个脓包之后，立即又换上了保卫济南的名将盛庸。盛庸倒是打了几场胜仗，但明军主力已经不在，很难挽回败局。建文帝三年，燕王朱棣一路南下，来到了南京，李景隆和谷王打开了金川门投降，可是建文帝却失去了踪迹。

对于这个突发的情况朱棣表现得还是非常着急，急忙下令去找，最后给出的答案是两种可能，一种就是在皇宫下面长期有一条密道，而建文帝就借用这条密道逃走了。另外一种说法是建文帝在兵败之后自焚而死。

那么建文帝到底去了哪里，还是死了呢？到现在为止，史学界依然是众说纷纭没有定论，还需要等待考古学家去考证才能知道。不过猜测却有不少。其中流传最广的一种猜测就是建文帝当了和尚，和他身边的一群谋士，云游四方，改名换姓，从此不再出现在政坛上。

而另外一种说法则是建文帝泛舟出海，去了南洋，四处躲避朱棣的追兵，最后隐居在苏门答腊岛东海岸当起了渔民。关于这个说法，虽然是没有什么证据，大多数人都不肯相信，只当是闲扯淡，但是有一个人信了，这个人就是朱棣。

朱棣是做贼心虚，他害怕建文帝跑到海外之后，纠结当地的中国人，或者是以宗主国的名义向南洋那些小国家请求借兵马来复国，这样就会给他造成非常大的麻烦，毕竟人家是正朔。如果真的回来了，没准有好多人都会打开城门迎接，他可能会下野，所以他就命令著名的三宝太监郑和下西洋去寻找建文帝。表面上说为了宣扬国威，实际上还是醉翁之意不在酒啊。

但不管怎么说，建文帝一直到今天也没有真正的露面，也许真是烧死了也不一定，重重疑点皆是巧合吧。

不管怎么说，建文帝的短暂时代结束了，取而代之的是通过兵变夺取了政权的朱棣的时代，朱棣就是明成祖。